En 1993 Samuel Huntington escribió un artículo en la revista Foreign Affairs titulado «El choque de civilizaciones y la reconfiguración del orden mundial». Huntintong defendía en ambas obras que los futuros conflictos armados tendrían su origen en los choques culturales provocados por las diferencias entre las diversas civilizaciones distribuidas por el planeta. El 11-S, con todo su horror real y mediático, fue para algunos la confirmación de las teorías del «choque».
Frente a esta concepción de confrontación entre civilizaciones surge la iniciativa de la Alianza de Civilizaciones. Una propuesta que llegó en un momento de la historia mundial en el que parecía que el islam era el nuevo enemigo a batir. Estaban recientes los atentados del 11-S y 11-M y las invasiones de Afganistán e Iraq por parte de coaliciones internacionales lideradas por Estados Unidos, bajo el pretexto de combatir el terrorismo e implantar regímenes democráticos.
La Alianza de Civilizaciones se presenta como una apuesta por el diálogo, la comprensión, el respeto y la tolerancia como argumentos principales para establecer unas relaciones internacionales pacíficas.