En julio de 1936 la CNT de las Islas Baleares había decidido celebrar un congreso, los días 18 y 19, para revitalizar la organización e iniciar una nueva etapa como Regional Balear, separada de la catalana, a la que siempre había estado unida. A pesar de los momentos convulsos que vivía el Estado español y los rumores de un posible golpe de Estado, Manuel Pérez viajaría en dirección a Mallorca para asistir y participar en ese congreso como corresponsal de Solidaridad Obrera. Allí se encontró con el golpe de estado, por lo que tuvo que vivir escondido para mantenerse vivo. Después de cuatro meses de inquietud, ante las noticias sobre la violenta represión fascista que se había desencadenado y el fracaso del desembarco republicano de agosto-septiembre de 1936, Pérez, junto con otros once compañeros, decidió huir hasta la isla de Menorca.